猿の惑星への戦争

　猿と人類の全面戦争が勃発して２年。シーザー（アンディ・サーキス）率いる猿の群れは森の奥深くに秘密基地を築いていた。ある日、敵の奇襲を受けたシーザーは妻コーネリアスと長男ブルー・アイズの命を奪われ、悲しみのどん底に突き落とされる。人間の軍隊を統率するリーダー・大佐（ウディ・ハレルソン）への憎悪にかられたシーザーは大勢の仲間を新たな隠れ場所へと向かわせ、自分は大佐への復讐の旅に出る。しかし一人では行かせないとオラン・ウータンのモーリス（カリン・コノバル）、片腕のロケット（テリー・ノタリー）、ルカ（マイケル・アダムスウェイト）が同行する。海岸線に沿って追いかける途中で一人では生きていけない、言葉を発せられない少女（アミア・ミラー）を発見し、モーリスが同情して連れて行くと主張し、その少女をノバと名付けて連れて行く。大佐の部隊に忍び込んだシーザーは彼を裏切って人間の下に走ったウィンターを図らずも殺してしまう。「猿は猿を殺さない」という掟にそむいたシーザーはかって対立して葬ったコバ（トビー・ケベル）の悪夢にうなされる。
　追跡を再開した一行は処刑された人間の兵士を発見し、そのうちの１名がノバと同様言葉を発することができなくなっており、ウィルスによる人類退化の兆候が現れ始めたのである。さらに一行は動物園出身の奇妙な猿バッド・エイプ（スティーブ・ザーン）と出会い大佐の居場所を知る。アジトに辿りついたが、巡回中の兵士によりルカが命を落とし、モーリスにお前は以前のコバのようだといわれてもシーザーは復讐をやめようとはせず、結局大佐に捕獲されてしまう。ところが安全な新天地にむかったはずの仲間達がこの要塞に捕獲されており食べ物も水をも充分与えられず、重労働を強いられていた。大佐は猿との戦いを聖戦とみなし、ウィルスに冒された人間を殺害してきた大佐は大佐の上官率いる本隊との戦いにも備えていた。この間にもバッド・エイプやモーリスたちは仲間を助けるべく地下壕を掘っていた。
丁度大佐と本隊が争い始め、そのどさくさの最中に猿たちは全員逃げ出すことに成功し、大佐をたおした本隊が勝鬨をあげている最中に、人類にとっては運悪く雪崩に巻き込まれほぼ全滅し、猿たちだけが生き残ることが出来たのである。さらに生き残った人類はウィルスによって退化していく運命が予見された。